全国39所985可以分为四个档次，第一档是清北，第二档是C9联盟其余7所大学，第三档是985工程一期除C9外的其余院校，第四档是985工程二期院校，尽管这样排序还存在一些争议，但也有一定借鉴意义。
第一档985：2所
清华、北大。清华大学和北京大学是全国知名的大学，也在世界范围内享有盛名，清华以工科为优势学科，北大以文科、基础学科、理科为优势学科，这两所大学每年都会招收很多各省高考状元。
第二档985：7所
全国985大学排名前十名：
1、北京大学：全国排名第1名。
2、清华大学：全国排名第2名。
3、上海交通大学：全国排名第3名。
4、浙江大学：全国排名第4名。
5、武汉大学：全国排名第5名。
6、南京大学：全国排名第6名。
7、复旦大学：全国并列排名第6名。
8、中国科学技术大学：全国排名第8名。
9、华中科技大学：全国排名第9名。
