日本国立大学知名度高，师资力量雄厚，教学、科研水平高。学习和研究环境好，学术***丰富，文凭的含金量和认可度高，就业前景广阔。
国立大学为留学生提供免费的日语培训班，节省时间和费用。
日本国立大学：
东京大学、东京工业大学、京都大学、横滨国立大学、北海道大、名古屋大学、名古屋工业大学、筑波大学、大阪大学、东北大学、神户大学、广岛大学、***大学、御茶水女子大学、山口大学等几十所国立大学。日本大学虽然有不错的教学水平，但是博士也同样压力山大，竞争激烈。日本本身对学术要求就很严格，最好是有一定的水准，找个对应的教授，发挥自己的才能。
以上愚见，仅供参考。最后，祝你博士后，学而有为，成就辉煌人生！
具体看院校招生要求，只要你的硕士是认可的，那么这个条件是肯定没问题的，主要是看软性条件了，比方说有无刊文发布的记录，在什么网站发布的，有无什么研究成果……
博士不比硕士，申请难度还是挺大的，至少名额上来讲就很少，建议楼主去咨询下正规的留学中介吧。
日本大学是非常看重申请人的出身，美国TOP30学校的毕业生应该可以申请日本最优秀的大学了。东京大学的物理专业基本上是世界顶尖水平，东京工业、东北大学、神户大学等学校也非常好。申请理工科专业一般要求N2即可，你已经考到N1了，日语水平不会是障碍。申请物理专业的话，英语很重要，科研项目经历会是很好的加分项。
至于你在美国的同学都在申请美国的PHD，那是每个人的志向不同。你若是喜欢日本，对日本感兴趣，就去申请日本的名校，日本大学完全能够提供足够的研究条件，这个不用忧虑。
如果是想留在学术圈的话，美国的发展机会肯定更多一些。不过日本的粒子物理领域还是很厉害的。光是粒子方向诺贝尔奖获得者就有：汤川秀树，小林诚，益川敏英，南部阳一郎，朝永振一郎等。还是要想清楚自己选择的方向，以及日本吸引你的具体原因，有些兴趣便面看起来诱惑力很大，但经不起时间的考验。其实理论物理国内最近几年的发展也很快的，而且国家给予的支持很多。
据不完全统计，去日本留学选择专业最多的是经济与经营、其次是艺术设计和教育、再其次就是法学和医学生物工程类的专业了。
如果最终还是想在国内发展的话，建议选择现在比较冷门但是今后会有很广的发展前景的专业，因为社会是在进步的，经过几年的海外留学，国内的就业市场肯定会发生很大的变化。
这里的专业比如说***（地理勘探）、环保***开发、社会公共***事业、营养学等。
日本各专业研究生留学前景
●传媒专业
日本是一个大众传媒十分发达的国家，每年20%的人才需求增长、30%的薪资增长，使传媒专业成为国内高校的报考热门。日本是亚太地区的资讯中心，高等院校的大众传媒专业实力强劲，专业方向涉及数字电视、多媒体、广告学等新兴传媒领域等。
就业前景：中国的互联网网民数量已跃居世界第一。广告收入增长，急速增加的需求量带来了巨大的就业机会。留学回国后可广泛从事新闻媒体机构、广播公司以及广告与文化经济活动策划等工作。
●动漫专业
动漫是日本文化输出的源泉，在世界上处于领先地位，而中国动漫专业人才的缺口却与日俱增。在日本最初开设***专业的是日本京都精华大学，此后，日本一些大学也陆续开设了动漫专业，如名古屋造型艺术大学开设***班，东京艺术大学也开设了与动漫相关的研究课程，招收研究生。目前日本开设动漫专业的已有15所大学。
就业前景：传统的动画制作，***以及网络动漫，网络游戏等行业。动漫专业是兴趣与现实工作相结合的完美选择。
●经济专业
中日之间的经济联系日益紧密，尤其是民间的交流与联系，其中又以长江三角洲地区为代表。很多日资企业都集中在这一区域，这就提供了大量的相关的就业机会。随着中日之间的经济交流机会日益增多，经济专业的就业前景变得十分广阔。
就业前景：该专业毕业生就业方向很广，比如经济预测分析人员、对外贸易人员、市场营销人员、管理类人员，以及银行、保险业相关的各种公司、企事业单位。
