东京大学全国排行第二。
日本大学排名（Japanese University Ranking），指日本国内所有大学的排名。与许多其他国家不同，日本国内并没有严格意义上***官方发布的本国大学排名。这主要是因为日本大学只按地区排位，以地区内各大学的偏差值高低来决定顺序，而并没有全国排名。
日本大学分为国公立大学和私立大学两类。国公立大学偏重学术研究，私立大学偏重社会实践，两类学校有风格差异，各有优势。据2017年统计，日本国立大学82所，日本公立大学87所，日本私立大学588所，其余7所，共计764所大学。学生数量方面，国公立大学由于学校数量较少，加上招生严格和学费低廉，所以学生数仅占全体的百分之五。
1.东京大学 世界名牌大学，排名前十五。类比学校，哈佛大学。但是文科相对较弱，不像哈佛文理都很强。东京大学的理科和工科在世界上处于领先地位，与哈佛，麻省不相上下(英国剑桥靠边站)，物理和化学世界排名第一，工学基本都排在3到1的位置，可以说这里就是日本尖端技术的代表。在这所大学毕业的很多中国留学生，回国后在国内业界举足轻重。
2.京都大学 亚洲排名第2，世界排名前三十，属于超一流大学。
3.东北大学 亚洲排名第三，世界排名54，医学，工学，理学闻名。坐落在仙台。鲁迅曾经在仙台一所专科学校学医，而这所专科学校后来就并入东北大学，成为现在的东北大学医学部。我国著名数学家苏步青，毕业于该校的数学系。
4.大阪大学 一所本部位于日本大阪府吹田市的世界级著名研究型国立综合大学。校友涵盖了日本第一位诺贝尔奖得主，也诞生了沃尔夫奖、拉斯克奖、克拉福德奖得主，以及若干位盖尔德纳基金会国际奖、日本国际奖得主，其在科学研究等许多方面可谓人才辈出、享誉世界。
5.庆应大学 一所名牌私立大学，类比学校，英国牛津大学。文科和理工科实力平均，生物，政治，商等专业水平极高。值得一提的是，日本首相小泉纯一郎(亲美派)就毕业于该校的经济系，而另一位前日本外相田中真纪子(不折不扣的亲中派)也毕业于该校。
6.早稻田大学 日本最有名的私立大学，历届日本首相中就有七位是早稻田大学毕业生，国会议员近三分之一出身于早稻田大学。索尼、卡西欧、三星、任天堂、优衣库等众多著名公司的创始人及社长皆出身于早稻田大学。至今为止，已有30位校友成为日本文学最高奖之芥川奖得主，居日本之首。
7.东京医科齿科大学 位于日本东京都文京区，是日本著名的国立大学。日本医学类排名第一。
8.日本最顶级的十所大学之一桥大学 日本文科排名第一，没有理工科专业，以商学研究闻名。日本三大门户网站的“乐天”公司老板就是这所大学毕业的。
9.东京工业大学 以工程技术与自然科学研究为主的日本顶尖、世界一流的理工科大学。QS世界大学排名2015/16中位列日本第3名，世界第56名。
10.筑波大学 日本最古老的大学之一。截至2015年2月，筑波大学占地约258公顷，是日本面积最大的大学之一;下设9个学群，开办54个专业，有3名教授获诺贝尔奖。
