说起清朝，很容易给人一种“闭关锁国”的印象。其实在清朝前期，中外之间存在交流互动，甚至连皇帝都对西洋充满兴趣，许多外国传教士还在朝廷身居高位，南怀仁就是其中之一。他是比利时人，曾担任清朝的工部侍郎，还为康熙讲解过几何学与天文学。
1623年，南怀仁出生于比利时，十二岁时进入耶稣教会读书，十七岁进入鲁汶大学艺术学院学习。
鲁汶大学是世界上最古老的教会大学之一，在此学习期间，南怀仁系统地学习了亚里士多德的哲学，还涉及天文、地理、数学、历算等知识。
学完哲学课程后，南怀仁又在耶稣会学院学了一年数学和天文学，然后又花了两年时间拿到神学博士学位。这段学习经历，为他日后的中西交流打下知识基础。
作为教会工作者，南怀仁本打算去南美洲传教，但被西班牙王室拒绝。老天给他关上大门，却给他开了另外一扇窗。1654年，意大利耶稣会传教士卫匡回国述职，南怀仁与之交流后，受其影响，对大清产生心驰神往。于是，南怀仁要求前往清朝传教，并得到教会支持。
顺治十三年，南怀仁、卫匡等人由意大利启程，但出发不久就在路上遭遇海盗，所行物品被抢劫一空，他们不得不重新准备。第二年，南怀仁从里斯本出发，次年抵达澳门。
1659年，南怀仁进入大清内地，先是前往西安传教，过了段时间又被召入京城，担任汤若望的助理，在钦天监协助制订历法。
汤若望是一位著名的传教士，明末来华，后为清朝工作。清朝初年，汤若望多次向领导陈述新历法的优点，并用新历法准确预测了顺治元年的日食亏、食甚等天文现象，最终说服多尔衮，将新编纂的《时宪历》颁行天下。后来，汤若望担任了钦天监监正，深受顺治信任，还助力玄烨的胜出。
汤若望比南怀仁年长三十多岁，在华已经取得很大成就。南怀仁对这位长辈非常尊重，竭尽全力协助他工作。汤若望在写给同事的信中，对南怀仁评价道：
欧洲传教士来华，很容易与本土的传统儒家文化发生冲突，于是不得不改变传教策略，将教义与儒家学说相结合，因而传教士本身的工作也远超传教范畴。其中最突出的表现就是，他们要传播西方科技，甚至进入仕途，进而影响皇帝。康熙心胸开阔，喜欢西方科技，所以康熙朝，西方传教士能够得到较好待遇，工作得以顺利进行。
《鹿鼎记》里面康熙释放汤若望，令其设计制造火炮的桥段，应该是金庸先生嫁接的。帮助康熙造炮的是南怀仁，也因此受到康熙信任，建立起深厚的情谊。终其一生，虽只在中国短暂传教，形势所限，其却另辟蹊径，用另外一种方式践行教义。
如果说一个人没有信仰，作为内在驱动力，很难坚持去完成一件事，更难得的是，一再坚持。孔子当年周游列国十三载，寻找可以实现抱负的平台，屡屡被拒，在陈国、蔡国之间几乎被杀，如同丧家之犬。以此作为参照系，对比一下南怀仁，来华之路，也是坎坷异常，经过漫长的十年等待，好不容易踏上了传教之路，又遭遇海盗，几乎丧命，但依然不改传教的初心。
历经磨难，抵达中国，开始了传教之路。时间跨度不长，大概不到一年，是南怀仁唯一的，一段传教活动。时任助手因病不能胜任，汤若望写信耶稣会，让南怀仁进京接替。
熟悉天文和算学的南怀仁，对与前辈汤若望，十分尊敬，工作上也很快上手。汤若望对于新助手也甚是满意，其给耶稣会的信中说道：他对这门学科从头到尾作了简明扼要的陈述后，我觉得无需再作任何补充。
康熙皇帝刚登基不久，风向突变。得到鳌拜支持的杨光先，上书弹劾汤若望，指控其在荣亲王选择葬期一事上，选择“洪范五行”，不符合礼制，犯了大忌，是造成董鄂妃病逝、顺治驾崩的主要原因，将汤若望一干人等，逮捕下狱论罪。
判决结果：汤若望凌迟，南怀仁等人杖责。万幸的是，太后力主开释以及京城地震等诸因素下，汤若望性命得以保全，改将其一伙人羁押。这是1664年发生的事。
四年后，康熙亲政，借汤若望一案为契机，打击鳌拜一派势力，整饬朝政。先是派出大学士进行摸底，调查了解，汤若望一伙究竟懂不懂天文历法。 南怀仁指出，杨光先一伙制定的旧历，两处最明显不过的错误：
康熙与众王公商议，谨慎起见，决定让南怀仁与杨光先一伙进行比试，通过天象观测证明其论断是否正确。南怀仁与吴明烜（杨光先副手），用各自的观测仪器观察天象。比试结果：南怀仁测验，逐款皆符；吴明烜测验，逐款皆错。南怀仁还向康熙力主，取消当年的闰十二月，取得了康熙信任，被任命为钦天监监副，主持全面工作。实际的钦天监监正杨光先，已在本次比试中落败革职。
