如果说名气的话，那是东京大学了，听说日本***的教育投资的大多数都投给的东京大学。
不过京都大学也相当厉害的，和东大比各有千秋，东大名气大，但京都的科研实力要好，反正两所大学绝对一流，绝对不逊色于美国，英国的顶尖大学，甚至超过他们，想象日本的科技实力就知道了，所以如果只想读大学的话，其实哪个学校并没有太大的区别。但是硕士以后，我觉得就会有差别的。
尤其是要选择一个好的教授，那真的很重要。建议首先，选择自己喜欢的学科，然后比较一下，这两个学校的相同学科的教授，哪个教授手下的留学生比较多。
留学生多的话，说明这个教授人比较好，当然这不是绝对的，但手下没有一个留学生的教授，那就不要考虑了，一定有问题的。
还有，如果想在日本就职的话，如果教授能帮助你的话，那就特别容易了，而且工作会非常好的，但这样的教授实在是不多了。
QS世界大学排名组织公布了2021-2022年大学排名，其中立教大学世界排名第1001-1200名。
立教大学（圣保罗大学）（Rikkyo University/Saint Paul's University），日本顶尖的一流难关私立大学，东京都内五大名门学府“MARCH”和东京六大学棒球联盟成员。主校区位于日本东京都丰岛区池袋，校属英格兰教会。校名出典自南宋理学家朱熹内篇《立教》，意即训立教化，在明明徳。该校历史悠久，由美国圣公会传教士威廉姆斯（Channing Moore Williams）主教于1874年创立，其前身为位于东京筑地的英文私塾“立教学校”（St.Paul's School）。
东京帝国大学（Tokyo Imperial University），建立于1886年，是明治维新后的日本帝国，依据《帝国大学令》在其首都东京市建立的第一所帝国大学，后改名东京大学。
东大位列2022QS世界大学排名第23位，日本全国第1位，2021软科世界大学学术排名第24位，2022泰晤士高等教育世界大学排名第35位，2021CWUR世界大学排名第14位 ，2020泰晤士高等教育世界大学声誉排名第10位。
