1636年哈佛大学前身为哈佛学院。1636年10月28日，马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，决定筹建一所像英国剑桥大学那样的高等学府,拨款400万英镑。由于创始人中不少人出身于英国剑桥大学，他们就把哈佛大学所在的新镇命名为剑桥。1638年正式开学，第一届学生共9名。1638年9月14日，牧师兼伊曼纽尔学院院长的J．哈佛病逝，他把一半积蓄720英镑和400余册图书捐赠给这所学校。1639年3月13日，马萨诸塞海湾殖民地议会通过决议，把这所学校命名为哈佛学院。在建校的最初一个半世纪中，学校体制主要仿照欧洲大学。1721年正式设立神学教授职位，1727年设立数学和自然科学教授职位,1780年设立医学教授职位。同年扩建成哈佛大学；1816年成立神学院，1817年成立法学院，以后各学院相继在19世纪成立。教育学院成立于1990年；1936年又成立了政治学院(1966年命名为J．F。肯尼迪政治学院)。1966年以来，哈佛大学共设10个研究生院，即文理、商业管理、设计、牙科医学、神学、教育、法学、医学、公共卫生和肯尼迪政治学院；2个招收大学本科生的学院，即哈佛学院和拉德克利夫学院；并设继续教育办公室，专门负责暑期学校、附设课程和终身学习中心。牙科医学、医学、公共卫生等3个研究生院设立在波士顿，其余各学院均集中于剑桥。各学院具有相对的独立性，哈佛历任校长坚持3A原则，即学术自由、学术自治和学术中立（这三个原则英文词第一个字母均是A).
哈佛大学诞生于1636年，最早由马萨诸塞州殖民地立法机关创建，初名新市民学院，是为了纪念在成立初期给予学院慷慨支持的约翰·哈佛牧师。
学校于1639年3月更名为哈佛学院。1780年，哈佛学院正式改称哈佛大学。截止2017年，学校有本科生6700余人，硕士及博士研究生15250余人。
2018-2019年，哈佛大学位列世界大学学术排名世界第一、USNews世界大学排名世界第一 、QS世界大学排名世界第三。
泰晤士高等教育世界大学排名世界第六。2018年6月，《泰晤士高等教育》公布世界大学声誉排名，哈佛大学排名世界第一。
哈佛医学院学制四年，学生毕业时，获得的是医学博士学位MD(DoctorofMedicine)。在医学院学习期间，相应的医师资格考试也同步进行，优秀的医学院学生可以申请攻读医学博士和哲学博士双学位，医学博士学制是四年，哲学博士双学位需要4-8年。
