根据2012年学科评估的结果，中国内地高校生物医学工程专业排名，第一名是东南大学，第二名是清华大学，第三名是上海交通大学、华中科技大学（并列），第五名是四川大学。后面的依次是：北京航空航天大学、浙江大学、重庆大学、西安交通大学、北京大学、电子科技大学、北京理工大学、天津大学、复旦大学、华南理工大学、重庆医科大学、首都医科大学、东北大学、同济大学、上海理工大学、中南大学、南方医科大学、太原理工大学、哈尔滨医科大学、西北工业大学、东华大学、温州医学院、湖南大学、上海大学、中南民族大学、***总医院（军医进修学院）、沈阳工业大学、大连海洋大学、长春理工大学、兰州大学、重庆理工大学。参评院校一共36所。有一些开设了这个专业但是没有参加评估的。
1 哈佛大学
2 上海交通大学
3 麻省理工学院
4 复旦大学
5 浙江大学
6 斯坦福大学
7 密歇根大学-安娜堡
8 苏州大学
9 约翰霍普金斯大学
10 四川大学
根据中国校友会网最新公布的2021本科专业排行榜，在本科生物科学专业排行榜中，清华大学、北京大学雄居排行榜榜首，中国科学技术大学、上海交通大学、复旦大学紧随其后，并列第三名。
而根据教第四轮全国生物学学科评估结果，排名依次是北京大学、清华大学、上海交通大学，分别被评为A+。另外，中国农业大学、南京大学等5所高校被评为A，南开大学等8所高校被评为A-。
生物信息学专业排名：哈佛大学，麻省理工学院，剑桥大学，牛津大学，斯坦福大学，加州大学伯克利分校，苏黎世联邦工业大学，耶鲁大学，加州大学洛杉矶分校，加州理工学院，多伦多大学，康奈尔大学，东京大学，新加坡国立大学，哥伦比亚大学，普林斯顿大学等。
