日本国立大学学费都统一，不分专业。日本读研主要分为研究生阶段和修士阶段，下面分别说一下:
1、日本研究生（即修士预科）期间：
报名费：9800日元（约588元），入学金：84600日元（约5076元）
学费：178200日元/半年（约10692元）
2、日本修士期间：
报名费：30000日元（约1800元），入学金：282000日元（约16920元）
学费：535800日元（约32148元）
3）日本私立大学学费没有标准，文教法经类的第一年费用在90-120万，理工农艺类的150万，医药学类的200-800万日元/年不等。
举例庆应义塾大学作为参考：
到日本的大学、短期大学或是专门学校就读，其国立大学的学费一年约50~60万日圆， 入学金约28万日圆。私立大学依科系不同一年约是80~120万日圆，入学金约30万日圆。私立的短期大学学费加入学金约111万。专门学校的话依据不同科系可从80万~110万日圆不等，其入学金约是30万日圆。而日本语学校则是从40万到80万日圆都有，入学金约是5万~10万日圆。
日本的学校的学费与美国、英国大学的相比并不算高。此外，学费减免‧免除制度和奖学金制度，也比其他国家要丰富得多。原则上日本公立大学学费比私立便宜很多，国立大学第一学年度学费约为60万日圆，私立大学中则以理工学院最贵，第一学年度约需90~100万元以上，除了学费外还有包括像是入学金、授业料、设施维持费等其他费用。其中入学金在第二年后就不需要缴交的。
日本研究所是导师制，也就是你写的履历、研究计画与导师的研究方向一致，你学士期间参加过什么研究项目、发表过哪些相关论文，你从事的研究是否能打动申请的导师，决定了你是否申请成功。另外日本读研究所虽是日语授课，但因为研究生会参阅很多外国文献资料，所以日本一些顶尖大学对英语成绩都有要求。建议去日本读研究所的同学不要跨科系申请。但是学士读日语的同学，除了语言外，若本身没有相关背景，选择许多系所都容易被拒绝。这边为学日语的同学们推荐一些较容易录取的领域：教育学、宏观经济学、社会学等等。
硕士
博士
大学本科
进入日本的大学就读必须通过大学所实施的入学考试。（其中也有学校只有认定书类选考）。入学选拔标准是日本语能力试验N1,N2级、日本留学试验、独立招生而学校的入学考试等；根据学校的入学选拔标准有所不同。
东京大学研究生申请条件及学费：
1、最好是211或者985工程类院校，平均GPA3.5以上。
2、必须具备日语N1级成绩，文科生要求N1级140分以上。
3、理工科提供英语托业/托福成绩，托福90分以上/托业900分以上。
4、东京大学研究生学费大概在535800日元/年。
日本京都大学研究生费用:1.学费本科生部：学费：535，800日元；入学费：282，000日元；考试费：17，000日元大学院部：学费：535，800日元；入学费：282，000日元；考试费：30，000日元法科大学院：学费：804，000日元；入学费：282，000日元；考试费：30，000日元研究生：学费：每月29，700日元；入学费：84，600日元；考试费：9，800日元2.生活费生活费水平：7wRMB以上年生活费：820000-1000000日元/学年日本京都大学研究生申请条件1.平均GPA要求3.4以上；
2.必须具备日语N1级成绩，文科生要求N1级140以上；
3.需要提供英语TOEIC/TOEFL成绩，托福90分以上/托业900分以上；
4.国内院校最好是211或者985工程类院校。
